Den Hint hier habe ich selber nicht egfunden, dafür aber eine brauchbare erste Lösung. Dazu muss man in WindowClock/Contents die info.plist etwas bearbeiten. Der Property List Editor bietet sich dafür an, wenn man die Developer Tools installiert hat. Zur Not geht es auch mit dem (einen) TextEdit(or), nur muss man darauf achten, die info.plist als reine Textdatei und nicht als RTF abzuspeichern.

Jetzt aber dazu, was geändert werden muss. Im Property List Editor muss der Eintrag NSUIElement gesucht und unter Value auf "0" geändert werden. Speichern und gut ist.

Analog dazu ohne Property List Editor die info.plist mit z.B. TextEdit öffnen und dort den Eintrag

<key>NSUIElement</key>
<string>1</string>

suchen. Hier muss zwischen den "beiden strings" die "1" auf "0" geändert werden. Als reine Textdatei speichern (und ggf. als in "info.plist" umbenennen, da hier vielleicht "info.txt" stehen könnte) und die WindowClock neu starten.

Beim Starten der Uhr haben wir jetzt das Icon im Dock und in der Menüleiste einen einzigen Eintrag, mit dem Punkt "Uhr beenden"